《Transnational Violence and Crime in Southeast Asia》主要討論兩種在東南亞地區的跨國危脅，其分別為恐怖主義和跨國組織犯罪。國家在這些挑戰中所扮演的角色是必須去找到能夠處理這些危脅的機制，並同時兼顧主權和管轄權。下面依恐怖主義和跨國犯罪依序介紹其在東南亞發展和各國之間合作的情況：
在紐約世界貿易中心於二○○一年九月十一日受到恐怖攻擊之後，美國將東南亞視為反恐的第二陣線，然東南亞各國領導對此的反應程度稍有差異。菲律賓首先嚮應美國的行動；印尼和美國接觸後也授權美國行動；馬來西亞和新加坡則以內部安全來處理可能的恐怖份子；泰國一開始保持中立，後來也是加入了反恐陣營。美國不論在和東南亞各國或亞太經合會中，都確立了其在東南亞在反恐這個戰場上的優勢。然而，在美國攻打伊拉克之後，馬來西亞和印尼採取反對的態度，而菲律賓、泰國和新加坡這些傳統戰略夥伴仍保持同樣態度。支持美國反恐的國家主要基於自身的安全利益。美國是以全球戰略地思考反恐問題，但東南亞的反恐是在地思考，特別是對於伊斯蘭祈禱團(الجماعة الاسلامية，Jema’ah Islamiyah)。
伊斯蘭祈禱團起源於一九五○年代中達魯伊斯蘭(Darul Islam, دار الإسلام)，其抗拒一個多元文化的印尼。伊斯蘭祈禱團在阿布巴卡巴加(Abu Bakar Ba’asjir)的帶領下，教育出許多子弟兵，試圖在東南亞地區再造哈里發(Caliphate)盛世，一個由穆斯林所統治的政治合一體制。伊斯蘭祈祈禱團的擴散之廣，使其和蓋達(Al-Qaeda，القاعدة)組織有所關連。巴加讚許蓋達組織的將西方視為目標的恐怖攻擊行動，儘管巴希認為沒有所謂的「伊斯蘭祈禱團」，但伊斯蘭祈禱團的恐怖份子卻將巴希視為精神領袖。在一九七九年到一九八九年時，穆斯林的勇士們在抵抗蘇聯入侵阿富汗時，曾經團結在一起，這是伊斯蘭祈禱團和蓋達組織的連結，一但美國將對於反恐的戰爭定位為對伊斯蘭的戰爭，伊斯蘭祈禱團的崛起以捍衛穆斯林，就成了有力的心理支持。
在東南亞地區陸續召開了許多峰會都將對抗恐怖主義納入議題，包括東協高峰會、東協區域論壇、東協加三對話以及東協歐盟會議等，這些會議的召開，都強調不應該將任何特定族群或宗教和恐怖主義連結。我們可以說，東協對於反恐是基於其對於社會和經濟的傷害，而沒有任何意識型態或政治意圖。對於東協而言，反恐是在國家層次，因為伊斯蘭祈禱團和蓋達組織都滲透到在地組織，例如：馬來西亞的甘普蘭穆斯林勇士(KMM, Malaysia Mujahideen Group)或泰國南部的反叛份子。
在九一一之後的幾個月，印尼受於美國、澳洲、馬來西亞和新加坡的壓力，印尼當局開始對付伊斯蘭祈禱團，結果二○○二年十月十二日引爆了兩起在峇里島的爆炸案。主使這些爆炸案的韓巴里(Hambali)在泰國被逮補後，逕送美國，並被監禁在關達那摩(Guantanomo)；巴加也被認為搧動爆炸事件而被逮捕，更稱自己專門對抗美國。印尼當局並未因此限制伊斯蘭祈禱團的發展。美國越是對印尼施壓，伊斯蘭祈禱團越是認為印尼政府無能、膽小，而印尼政府就更不敢對抗恐怖份子，陸續在二○○三年到二○○五年都陸續有恐怖攻擊事件，直到二○○七年逮捕伊斯蘭祈禱團的領袖後，其聲勢漸弱，但何時會反擊，仍不確定。
菲律賓則擁有最小卻最暴力的團體阿布沙亞(ASG，Abu Sayyaf Group)在南部從事分離運動以建立伊斯蘭國家。其最惡名昭彰的犯行就是在二○○四年時，擊沈了超級郵輪十四號(Superferry 14)，使百餘人死亡。這個團體的開山祖師叫阿都拉札真扎拉尼(Abdurajak Janjalani)，其從阿富汗帶回了瓦哈比派(Wahhabist)的意識型態。所謂的瓦哈比派就是，傳統上其主張清除伊斯蘭中類似民間信仰的部分，但其也誘發並鼓勵從事伊斯蘭恐怖攻擊，儘管聖戰(jihad)或伊斯蘭勇士(mujahideen)都並非瓦哈比派特有，但瓦哈比派被認為是恐怖份子的宗教思想。真扎拉尼被殺後，有人繼位，再被殺，再繼位，再組織，再反擊，沒完沒了。在美國的反恐行動中，菲律賓是唯一全力支持的，但菲律賓總統也遭國會疑質其未經國會批准而和外國軍隊聯合演習。
未來，泰國也可能面對反恐的問題。但他的合作夥伴將不會美國或澳洲，而是馬來西亞。他們將致力於不要讓泰國和馬來西亞的邊界成為泰國穆斯林恐怖份子的溫床。接續下一頁。